Geneious是专为分子生物学家和生物化学家设计的一款软件,提供便捷的梯形拟合和峰值调用功能,帮助用户快速生成基因型微卫星位点和等位基因列表。软件支持序列对比和系统学分析、毗连群、引物设计和克隆和限制性分析等。
主要功能
1、NGS分析和基因组学
使用行业领先的算法,包括TopHat和Velvet,Illumina、PacBio或Torrent读数(任何长度、成对端、条形码)的从头组装或参考映射。对数据的综合分析,包括基因组浏览器、持续的可视化、SNP调用和RNA-Seq表达式分析。
2、序列图和色谱分析
修剪、组装和查看Sanger排序跟踪文件,正确的碱基调用并创建一致的序列。基因预测、模式、翻译和变异调用的自动标注。基因型微卫星跟踪自动梯拟合和峰值调用和生成等位基因表。
3、对齐和树构建
使用包括MAFFT和ClustalW在内的可信算法对DNA或蛋白质进行成对和多种比对。查看和编辑实时翻译和突出显示。使用包括RAxML和PAUP在内的同行评审算法构建系统树,并为公开准备的图形调整显示设置。
4、分子克隆
查看质粒图,自动注释矢量并用注释复制粘贴序列。寻找限制站点、消化、连接和执行Golden Gate,Gibson和Gateway克隆。设计引物,找到CRISPR站点并优化密码。在克隆过程中跟踪历史和亲子后代谱系。
5、搜索、共享和自动化
针对NCBI进行批量BLAST,并直接搜索GenBank。使用无缝集成的共享库集中和协作数据。导入和导出大多数行业标准文件格式。建立自动化的工作流程,以提高效率,控制业务流程,并减少您的研究中的人为错误。
6、SnapGene文件导出
将SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中,无缝地导入序列及其注释和其他元数据。
7、CRISPR-CPF1特异性评分
自信地选择最佳CRISPR-CPF1引导RNA位点使用新的特异性评分,这是根据对您选择的数据库的非目标分析计算出来的。
8、智能NGS导入
只需一个简单的步骤就可以将任何类型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中,即使您有不同的样品和参考序列的混合物。
9、CRISPR Cpf1选项
添加了CRISPR-CPF1与5’PAM位点的支持。在A和T丰富序列中找到位点,并在体内具有更高的裂解效率。
10、RNA-Seq表达分析的火山图
在交互式火山图中可视化基因表达,可以用来突出和跳转到差异表达基因。
常见问题
如何卸载Geneious软件?
方法一:打开电脑控制面板》》程序》》程序和功能,在程序和功能面板中找到Geneious软件,右键点击卸载即可。
方法二:安装并打开电脑管家软件,选择进入软件管理选项,点击卸载选项,在列表中找到Geneious软件,点击卸载即可。
方法三:安装并打开360软件管家,在卸载选项的列表中找到Geneious软件,点击卸载即可。
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