Ubuntu10.10配置R环境的方法

　　在Ubuntu10.10系统中，有的用户因工作需要得进行配置R环境，但还不清楚该如何配置。在这，小编就分享给大家配置R环境的方法。

　　方法如下：

　　向 /etc/apt/sources.list 中加入:

　　deb https://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/linux/Ubuntu maverick/

　　Secure apt

　　The Ubuntu archives on CRAN are signed with the key of "Michael Rutter " with key ID E084DAB9. You can fetch this key with

　　gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9

　　and then feed it to apt-key with

　　gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

　　安装完整的R system, 使用

　　sudo apt-get update

　　sudo apt-get install r-base

　　管理和维护R包

　　The R packages part of the Ubuntu r-base and r-recommended packages are installed into the directory /usr/lib/R/library.

　　The other r-cran-* packages shipped with Ubuntu are installed into the directory /usr/lib/R/site-library.

　　These can be updated using apt-get with

　　sudo apt-get update

　　sudo apt-get upgrade

　　整体分为三部分进行管理:

　　1. R本身 和一些库 用 apt-get 进行更新

　　2. 官方推荐包 默认存在于 /usr/lib/R/library 可用管理员权限下的 update.packages() 更新

　　3. 用户安装包 默认存在于 /usr/lib/R/site-library 可用管理员权限下的 update.packages() 更新

　　如果用非管理员的用户去装包, 会装到另外一个新文件夹中. 因为对以上目录没有写权限.

　　如果用非管理员权限装包, 会装到另外一个新文件夹中. 因为对以上目录没有写权限. 用管理员权限会默认装到 /usr/local/lib/R/site-library 里. 更新的时候亦然.

　　sudo gedit /etc/R/Rprofile.site # 修改默认CRAN镜像

　　手工安装依赖了特别库的包

　　安装程序包'Cairo'时退出狀態的值不为0

　　安装程序包'rgl'时退出狀態的值不为0

　　安装程序包'XML'时退出狀態的值不为0:

　　安装程序包'RCurl'时退出狀態的值不为0

　　安装程序包'cairoDevice'时退出狀態的值不为0

　　安装程序包'fftw'时退出狀態的值不为0

　　安装程序包'rcdd'时退出狀態的值不为0

　　安装程序包'rgdal'时退出狀態的值不为0

　　依赖rgl引起的:

　　installation of package 'ks' had non-zero exit status

　　installation of package 'feature' had non-zero exit status

　　installation of package 'flowCore' had non-zero exit status

　　installation of package 'flowViz' had non-zero exit status

　　安装Cairo:

　　sudo apt-get install libcairo2-dev libxt-dev

　　然后install.packages("Cairo")即可

　　安装cairoDevice:

　　sudo apt-get install r-cran-cairoDevice

　　安装rgl包:

　　sudo apt-get install r-cran-rgl

　　安装fftw包:

　　sudo apt-get install libfftw3-dev

　　然后install.packages("fftw")即可

　　安装rcdd包:

　　sudo apt-get install libgmp3-dev

　　然后install.packages("rcdd")即可

　　安装rgdal包:

　　sudo apt-get install libgdal-dev libproj-dev

　　然后install.packages("rgdal")即可

　　安装XML包:

　　sudo apt-get install libxml++2.6-dev

　　然后install.packages("XML")即可

　　装好以上就能装RCurl了, 初步猜测可能是依赖libxml导致的.

　　安装rimages包:

　　sudo apt-get install fftw-dev fftw2

　　然后install.packages("rimage")即可

　　安装RKWard daily版

　　sudo add-apt-repository ppa:rkward-devel/rkward-dailys

　　然后

　　sudo apt-get update

　　sudo apt-get install rkward

　　sudo apt-get dist-upgrade

　　即可安装RKWard daily版.

　　以上就是小编总结的配置R环境的方法了。有需要的友友们可以根据步骤好好地进行操作，光看不练是掌握不了方法的哦。